Az Állam- és Jogtudományi Karon 1992. szeptemberétől folyik a tudományos fokozat megszerzésére felkészítő doktori képzés. A képzés a Deák Ferenc Állam- és Jogtudományi Doktori Iskola keretében folyik. A doktori képzés ideje mind az államilag finanszírozott, mind a költségtérítéses levelező tagozaton 3 év. A hallgatók munkáját egy-egy tudományosan minősített témavezető irányítja. A hallgatók az abszolutórium megszerzése, a doktori vizsgák, szigorlatok eredményes letétele, önálló tudományos munkásságuk bemutatása, két idegen nyelvnek a tudományterület műveléséhez szükséges ismerete, valamint a doktori értekezés elkészítése és nyilvános vitában való megvédése után PhD doktori fokozatot szereznek. A doktori képzésben részt vett hallgatóink egy része a Karon marad oktatóként, mások más egyetemeken vagy kutatóintézetekben kamatoztatják tudásukat. Azok, akik a végzés után a gyakorlatban helyezkednek el megbecsülésben részesülnek munkahelyükön.
A Doktori Iskola eredményességét mutatja, hogy 2006-ban a jogi karok közül egyedül a Miskolci Egyetem Deák Ferenc Doktori Iskolája nyerte el a Kiválósági Hely címet.